성경학교는 제자 훈련과 전도, 새 친구를 초청할 수 있는 좋은 기회가 되기 때문에 성령님의 역사하심을 믿으며 세심하게 준비해야 한다. 파이디온 선교회의 성경학교 프로그램은 지역 교회 안의 어린이들을 말씀으로 세우며, 그리스도를 모르는 교회 밖의 어린이들을 초대하여 훈련하는 데에도 적합한 내용으로 구성되어 있다. 각 과의 내용과 활동, 찬양과 율동 등은 어린이들의 영적 성장과 하나님과의 인격적인 교제를 염두에 두고 만들어졌으며, 교회의 형편에 따라 유연성 있게 활용하며 최대의 효과를 거둘 수 있도록 기획하였다.

성경학교의 형태는 세 가지로 분류될 수 있다. 첫째, 교실형 성경학교는 각 교회에서 가장 일반적으로 선택했던 형태로서 교회 안에서 ‘예배 - 분반 공부 - 특별 활동’의 순서로 진행되는 형태다. 교실형 성경학교의 경우 개회 예배를 통해 주제에 대한 설교와 도전이 있고, 각 과의 성경 이야기는 목회자가 맡아 설교 형식으로 진행하며, 분반 공부시 성경 공부를 다룬다. 이 형태로 진행되는 성경학교는 평상시의 주일학교 운영과 크게 다르지 않아 성경학교를 준비하는 교사의 입장에서는 큰 부담이 없다는 장점이 있다. 하지만 어린이들의 입장에서는 식상하게 느껴지고, 성경학교에 대한 기대감이 저하된다는 단점이 있다. 따라서 교실형의 성경학교를 준비하는 교사들이 이러한 지루함을 없애기 위해 게임, 레크리에이션, 물놀이, 공동체 훈련, 미니 올림픽 등의 특별 활동에 큰 비중을 두게 된다. 단, 특별 활동이 흥미를 더해줄 수는 있지만 성경학교의 주제와 무관하게 준비될 경우 교육의 효율성과 연속성을 떨어뜨릴 수 있다는 점에 주의해야 한다.
둘째, 캠프형 성경학교는 주로 교회가 아닌 수양관이나 기도원 등의 교외 장소로 옮겨 진행하며, 전통적인 예배의 딱딱함보다는 좀 더 자유로운 장소에서 예배드리고 활동하는 것을 추구한다.
캠프형 성경학교는 교회가 아닌 제2의 장소(야외)에서 성경학교를 진행하기 때문에 어린이들의 기대감을 높일 수 있다는 점과 조별로 모든 활동을 진행하며, 교사와 어린이들이 성경학교 기간 동안 함께 숙식함으로써 친밀감을 높이고, 밀도 있는 교육이 가능하다는 장점이 있다. 하지만 성경학교에 참여할 수 있는 어린이들이 제한된다는 점과 캠프에 참여할 수 있는 교사를 모집해야 하는 어려움이 있다. 또한 자칫하면 교실형 성경학교를 장소만 이동하여 실시하게 되는 결과를 가져올 수 있다는 점에 유의해야 한다.
셋째, 활동 센터형 성경학교는 먼저 대그룹으로 모여 찬양과 간단한 설교, 광고 등의 시간을 갖고, 이후 조별로 흩어져 이동 루트를 따라 각 센터를 방문하는 것으로 모든 활동을 대신한다. 각 조는 규모에 따라 학년별로 또는 통합 연령으로 구성할 수 있으며, 담당 교사의 인솔에 의해 각 센터를 방문한다. 각 센터는 1-2명의 담당자가 모든 준비 과정과 진행을 맡는다. 센터 담당자는 자기 센터만 준비하면 되기 때문에 활동 준비의 부담이 적고, 한 센터만 계속 운영하기 때문에 숙련도가 높아져서 질 높은 운영을 할 수 있다.
활동 센터형의 가장 큰 특징은 성경학교 장소인 교회 곳곳을 주제에 맞게 꾸미고 장식하므로 어린이들이 무언가를 배워야 한다는 부담감 없이, 몸으로 느끼고 익히는 성경학교를 만든다는 것이다. 또한 활동 센터 중심으로 성경학교를 진행하기 때문에 기존의 교사가 아니더라도 성경학교 기간에 각 센터에서 진행을 도울 스태프를 따로 모집할 수 있으며, 어린이들도 누구나 초대되어 참석할 수 있다는 장점이 있다.

	게임을 하면서 각 과의 중심 사상을 다시 한 번 확인하며 강화할 수 있도록 돕는 활동적인 센터다. 센터 운영에 필요한 전반적인 지침과 함께 게임 진행 가이드가 포함되어 있다. 학령전, 학령기 어린이들의 수준에 맞게 선택적으로 사용할 수 있으며, 게임 후의 중요한 질문과 답변들은 게임이 의미 있는 학습이 되도록 돕는다.

	전체 테마와 각 과의 내용에 맞는 만들기를 어린이들과 함께 수행하며 중심 사상을 확인하는 센터다. 각 과별로 학령전, 학령기에 맞는 만들기 과제를 선택하여 수행할 수 있도록 구성하였고, 만들기 센터 운영에 필요한 전반적인 지침이 포함되어 있다.

	전체 주제와 어울리는 간식을 제공하거나 함께 만들어보게 함으로써 다감각적인 학습이 가능하도록 돕는 센터다. 간식 하나에도 의미를 부여하고, 육체적인 공급뿐만 아니라 영적인 채움이 일어나도록 진행한다. 다양한 간식을 만드는 과정과 의미, 활동 아이디어가 포함되어 있으므로 교회의 형편과 상황에 맞게 활용할 수 있다.

	다양한 활동을 통하여 각 과의 주제 말씀을 암송하도록 돕는 센터다. 어린이들에게 지루한 시간으로 인식된 성경 암송을 다양한 게임, 찬양, 퀴즈 등을 통하여 재미있고 역동적인 활동으로 바꾸어준다. 무엇보다 주제와 관련된 하나님의 말씀을 마음에 새김으로써 자신이 특별한 하나님의 리더라는 것과 축복의 통로라는 것을 더 오랫동안 기억할 수 있도록 돕는다.

	주제와 관련된 본문의 시대적 상황과 배경을 알려줌으로써 성경의 세계를 이해하도록 돕는 센터다. 어린이들은 지식 센터에 참여하면서 그 당시의 문화와 배경에 대해서 배우고 체험하게 된다. 다양한 시각 자료들을 직접 눈으로 보고 만져보면서, 성경학교를 통해 배운 본문의 말씀을 보다 정확하고 풍성하게 이해할 수 있게 한다.